教會歷史學者鄭仰恩老師，同時也是教會的神學與教育牧師，所服事的臺北濟南教會也是在日本時代建立。他提到，臺灣基督徒在日本時代，開始成為社會的中堅，臺日基督徒的交流也延續至今。
三個基督徒與日軍的故事
1895年，日本佔領臺灣的一開始，社會出現很多動亂。鄭老師表示，在臺宣教士的日記、書信裡有提到當時還會聽到槍聲，當中也有三個與基督徒有關的故事。首先在臺北城，鄉紳們為了避免城內動亂不斷，決定讓日軍和平入城，背後關鍵人物是李春生長老，扮演類似和平使者的角色。
其二，日軍進佔臺南前放風聲不惜要以武力佔領，讓府城民眾非常害怕。因此商請巴克禮牧師、宋忠堅牧師為代表，帶領日軍和平入城的故事也聞名一時。
第三個故事則令人遺憾。當時在澎湖的林赤馬傳道師(改名後為林學恭牧師)，被日軍強迫，帶領日軍坐船進到嘉義布袋；但他被本地臺灣人認出來，誤以為他出賣臺灣人，因此引發麻豆事件，造成麻豆十多位基督徒遇害。「在這樣戰爭動亂的情況下，臺灣基督徒也迫不得已捲入其中。」鄭老師有感而發地說。
臺日分工合作建立教會
進到日本統治前半期。鄭老師指出，宣教師們在書信中提到，與之前清國統治相比，他們覺得日本人的治安較好、較現代化。日本將軍也認為基督教是對社會治安有貢獻的團體，因此有新一批宣教師來到臺灣，譬如在彰化的蘭大衛醫生、梅監務牧師，帶動中部福音工作很快展開；南部也是如此，在十年裡當地教會信徒增加了一倍。
「其實日本的基督徒，也扮演蠻重要的角色。」鄭老師提到，最早來的軍隊裡就有隨軍牧師，他們很快和馬偕等在臺宣教師接觸，進而做出協議：由英國及加拿大長老教會對臺灣人宣教，日本牧師就專心對日本人宣教，彼此各分權責。所以日本不同教派也到臺灣設立教會。以臺北為例，濟南教會是日本長老教會設立，中山教會是由日本聖公會所設，和平教會則由日本美以美會(衛理公會)設立，東門教會則是聖潔教會(現稱為聖教會)設立。
到了中後期，臺灣人因接受日本教育，日文開始變好，很多臺灣人也開始加入日本人的教會。日本教會後來也為臺灣人設立教會，如濟南教會前身的幸町教會，就在大稻埕設立針對臺灣人聚會的太平町教會。「日、臺教會中間一開始的合作關係，是很美的故事。」鄭老師感恩地說。
日本後期信仰受到逼迫
到了日本統治中期，基督徒在臺灣社會扮演怎樣的角色？鄭老師指出，基督徒後來慢慢進入臺灣社會的領導階層，像畫家、醫生、律師、教授等，成為社會的中堅份子。背後很重要的基礎是基督教的中學教育，當時淡江中學、長榮中學與長榮女中，估計當時培養了近千位的社會領導菁英，在各行各業成為重要領袖。
但是到了日本統治晚期，日本軍國主義的控制也影響臺灣教會，例如牧者被要求以日文講道、接受精神養成訓練(洗腦教育)、在宗教儀式中加入遙敬天皇，最嚴重的是基督教學校被迫帶去神社參拜。鄭老師表示，日本教會本身也面對這些挑戰，當時日本教育部把神社參拜解釋為非宗教的愛國表現，臺灣教會也不得不接受如此說法，宣教師帶著學生去神社。這些都是大環境下很無奈的情況。
信仰深化跨國交流學習
在這當中，我們可以學習到什麼？鄭老師覺得這是一種信仰深化的過程，當時教會面對政權系統化的壓迫，卻沒有預備好如何回應；像那時德國教會面對逼迫時有「告白教會（註）」的興起，足成為借鏡。對臺灣教會來說，不是說一定要抵抗，但至少有一種良心的不服從，當時尚未有這種態度，而這就是教會需要累積學習的智慧。以第二次世界大戰後新一波政教緊張為例，當時就看到教會的信仰良心慢慢被喚醒，也學會如何用愛心說誠實話。
「日本時代跨越國界、跨越文化的基督徒交流合作，這是臺灣教會歷史上第一次的經驗。」鄭老師感恩地說，臺日教會的互動關係，是十分美好的故事，兩國基督徒跨越文化、跨越語言的交流，成為主裡的同工，正是這動盪時代裡的美好見證。
註：「告白教會」是二戰期間興起的德國基督教反納粹運動，堅持信仰純正，勇敢對抗極權統治，成為德國教會抗暴的重要見證。
